En fait, il te faut créer un script d'installation en php par exemple.
Qui vas créer une base mysql, créer un dossier, créer un serveur FTP.
Pour créer un dossier et créer un serveur FTP, il faudra passer en ligne de commande avec la fonction exec() par exemple.
Ensuite il faut enregistrer tous les paramètres dans une BDD et fournir toutes les infos au client, soit par mail soit directement sur le site.
Et enfin, il faut créer un nouveau domaine dans la configuration bind, tu peut par exemple mettre des sous-domaines de ton site.
Le tout en passant en ligne de commande ou en php (Pour une activation immédiate).
Après il faut voir pour installer un Panel, et mettre un php.ini différent de ton site principal...
Tu voit à peu près ce qu'il faut faire, c'est pas trop compliquer mais ça prend un peu de temps

À bientôt,
Zinc91.